El fons de col·leccions del museu reuneix molta variabilitat d'elements de la natura. El comú denominador és la seva subjecció al mètode científic, a la missió de constituir un material científic que es justifica perqué contribueix al coneixement dels sistemes naturals.

Objectius i mètodes, però, poden variar molt. L'atenció sobre aspectes particulars de les col·leccions obre la possibilitat de mostrar la complexitat i la riquesa temàtica d'aquestes. Una part important dels projectes s'han generat a partir d'una plataforma creada pel museu,  Wikicollecta, perfilada per exposar en profunditat dades de col·leccions.

Projectes relacionats amb les col·leccions:

• Espècimens tipus : catàleg dels espècimens que testimonien materialment l'existència de nous tàxons descrits per al coneixement científic.
• Protagonistes : gràcies a la voluntat de moltes persones i entitats s'ha acumulat el capital científic que avui mostra el museu. Els protagonistes del museu..
• Catàleg 3D : la visió tridimensional d'esquelets de vertebrats proporciona oportunitats d'estudi sense necessitat de l'observació directa dels ossos.
• Georeferenciació : posar en el mapa digital les localitzacions de recol·lecció de totes les mostres de col·leccions, també les que no van tenir el benefici dels aparells de geolocalització.
• Mol·luscs Continentals De Catalunya : una eina per ajudar a identificar la fauna de mol·luscs de terra i d'aigua dolça de Catalunya a partir de les mostres de la col·lecció del Museu.
• Briozous : la diversitat de briozous de la Mediterrània Occidental descrita i explicada.