L'avaluació de la biodiversitat s’afina i inclou la importància relativa de cada espècie. Un índex de diversitat biològica que tingui en compte el nombre d'individus de cada espècie és d’interès científic i aplicable a la gestió dels sistemes naturals.

El valor de l’índex de diversitat depèn de si hi ha espècies dominants o rares. Un índex baix s’associa a sistemes en transició i un valor alt a ecosistemes madurs. També es calculen índexs de diversitat genètica o paisatgística, entre d'altres.

Comptar individus pot ser molt senzill o molt complex. L'estudi de les comunitats d'organismes que viuen fixades al fons del mar, el bentos, ha afavorit l'enginy tecnològic dels investigadors. Una pràctica no intrusiva consisteix a fotografiar superfícies de bentos de mida estàndard.