La evaluación de la biodiversidad se afina e incluye la importancia relativa de cada especie. Un índice de diversidad biológica que tenga en cuenta el número de individuos de cada especie es de interés científico y aplicable a la gestión de los sistemas naturales.

El valor del índice de diversidad depende de si existen especies dominantes o raras. Un índice bajo se asocia a sistemas en transición y un valor alto a ecosistemas maduros. También se calculan índices de diversidad genética o paisajística, entre otros.

Contar individuos puede resultar muy sencillo o muy complejo. El estudio de las comunidades de organismos que viven fijadas al fondo del mar, el bentos, ha propiciado el ingenio tecnológico de los investigadores. Una práctica no intrusiva consiste en fotografiar superficies de bentos de tamaño estándar.